配股缴款不是自动扣的。配股缴款需要投资者自己手动确定，投资者在交易软件中确认即可，确认配股后系统缴款期内进行扣款，扣款后配股成功。若投资者不参与配股，那么就不要做任何操作，不做任何操作就等于放弃配股。
投资者可通过网上交易软件、电话委托等交易渠道进行缴款，输入配股代码、配股价格、配股数量进行操作；若是融券账户，可通过担保品卖出菜单进行配股申报，代码、价格、数量等要素的输入与普通账户配股的要求一致。
配股缴款是指上市公司有时会面向现有股东募集资金，按现有股份的一定比例给予股东购买权。通常配股价较市场价低一些。配股有一段时间的缴款期，即只要在7-15天内（有一个配股缴款截止日）交足对应款项，就可以获得相应的股份。这就给了股东较长的时间，可以灵活地安排资金参加配股。需要注意的是，配股时股价会下跌，所以如果不打算参加配股的话，最好在配股前出售手中股份。