发行股票的手续费应该计入资本公积——股本溢价科目。应当从股票溢价中扣除，溢价不足抵扣的部分，冲减资本公积。手续费和佣金不计入成本。与企业合并直接相关的费用包括：为进行合并而发生的会计，审计费用，法律服务费用，咨询费用。应计入合并成本。如参与合并各方可能在企业合并合同或协议中规定，如果被购买方连续两年净利润超过一定水平，购买方需支付额外的对价，应并入合并成本。
发行股票手续费冲减资本公积-股本溢价，会计分录：
借：资本公积-股本溢价。
贷：银行存款。
收到发行款项分录为：
借：银行存款。
贷：股本。
资本公积-股本溢价。
资本公积是企业收到投资者出资额超出其在注册资本（或股本）中所占份额的部分，以及其他资本公积等。资本公积包括资本溢价（或股本溢价）和其他资本公积等。