1、定义不同
总股本指的是公司资产的总价值，包括股本金、长期债务及经营盈余所形成的资产。流通股指的是上市公司上市的股份在交易所流通的股份数量，按市场属性的不同可分为A股、B股、法人股和境外上市股。
2、包含不同
总股本包含限售股和流通股，限售股可能是个人持有，也可能是投资机构等；流通股包含可在二级市场交易买卖持有的股票。A股市场中总股本和流通股不一致，小于总股本。就表示上市公司有未解禁（解禁是指股改后使部分限售股可以在市场中流通）部分，如果总股本和流通股一致，代表股票处于全解禁的状态。
3、流通性质不同
流通股指可在二级市场交易的股票；而总股本包括限售股和流通股，限售股在股票解禁之前是不能在二级市场进行流通的。