1、并购标的不同：股权并购的标的是目标企业的股权，是目标企业股东层面的变动，并不影响目标企业资产的运营。资产并购的标的是目标企业的资产如实物资产或专利、商标、商誉等无形资产，并不影响目标企业股权结构的变化。
2、交易主体不同：股权并购的交易主体是并购方和目标公司的股东，权利和义务只在并购方和目标企业的股东之间发生。资产并购的交易主体是并购方和目标公司，权利和义务通常不会影响目标企业的股东。
3、交易性质不同；股权并购的交易性质实质为股权转让或增资，并购方通过并购行为成为目标公司的股东，并获得了在目标企业的股东权如分红权、表决权等，但目标企业的资产并没有变化。资产并购的性质为一般的资产买卖，仅涉及买卖双方的合同权利和义务。
4、承担债务不同：股权并购后，股东应按股权比例承担相应比例的债务，而资产并购后目标公司的原有债务仍由其承担。
5、税负因素不同：股权并购目标企业不用缴税，而资产并购过程中，税收有可能多缴。
6、并购风险不同：股权并购要承接并购前目标企业存在的各种法律风险，如负债、法律纠纷等，资产并购承担所购资产的风险，经营和法律风险较小。
股权并购是指并购方通过协议购买目标企业的股权或认购目标企业增资方式，成为目标企业股东，进而达到参与、控制目标企业的目的，使该境内公司变更设立为外商投资企业。