1、本质不同
股本溢价是指股份有限公司溢价发行股票时实际收到的款项超过股票面值总额的数额；资本溢价是指企业在筹集资金的过程中，投资人的投入资本超过其注册资金的数额。
2、所属不同
股本股本溢价是资本公积一种，而资本公积是指投资者或者他人投入到企业、所有权归属于投资者、并且投入金额超过法定资本部分的资金。资本公积包括：资本（或股本）溢价、接受捐赠非现金资产准备、股权投资准备、拨款转入、外币资本折算差额、关联交易差价以及其他资本公积；资本溢价是有限责任公司投资者交付的出资额大于按合同、协议所规定的出资比例计算的部分。
根据有关规定，股份有限公司应于实际收到发起人和认股人的认股款时，按其所发行的股票面值作为股本；对于溢价发行的股票，股票发行收入超过所发股票面值的部分扣除发行费用后的余额，作为股本的溢价。因此，股份有限公司溢价发行股票取得的收入，以实际取得收入的时间作为确认的时点。
按股票面值和核定的股份总额的乘积计算的金额记入“股本”账户，溢价部分（即超出股票面值的部分）扣除委托证券代理商发行股票而支付的手续费、佣金、股票印制成本等后的数额登记“资本公积”账户。无溢价或溢价不足以支付的部分作为长期待摊费用，分期摊销。对境外上市企业，按收到股款当日的汇率折合人民币金额。按确定的人民币股票面值与核定的股份总额乘积计算的金额记入“股本”账户，二者的差额记入“资本公积”账户。