1、发行时间不同：股本权证一般是上市公司在发行公司债券，优先股股票或配售新股之际同时发行。备兑权证发行时间没有限制。
2、认购对象不同：股本权证持有者只能认购发行股本权证的上市公司的股票，备兑权证持有者有时可认购一组股票。同时、针对一个公司的股票，会有多个发行者发行备兑权证，它们的兑换条件也各不一样。
3、发行目的不同：股本权证与股票或债券同时发行，可以提高投资者认购股票或债券的积极性。同时，如果到时投资者据此认购新股，还能增加发行公司的资金来源。备兑权证发行之际，作为发行者的金融机构可以获取一笔可观的发行收入。当然它也要承受股市波动给它带来的风险。
4、到期兑现不同：股本权证是以持有者认购股票而兑现，备兑权证的兑现，可能是发行者按约定条件向持有者出售规定的股票，也可能是发行者以现金形式向持有者支付股票认购价和当前市场价之间的差价。
股本权证的有效期是多久？
股本权证的有效期由一年至五年不等。当股本权证持有人在全数缴付行使价后，上市公司会将有关股份分派给认股证持有人。在有效期内，投资者亦可于交易所自由买卖上市的股本权证。